Wie man so genannte genetische Schaltkreise baut, die man dann in Zellen bringen will, um diese umzuprogrammieren.
Textraum
90 Themen • 21266 Artikel
Textraum: wichtige Informationen
Der Textraum bildet mein journalistisches (analoges) Archiv ab, das (Stand Dezember 2025) über 21’200 Artikel geordnet anhand von 90 Themengruppen umfasst. Die Themengruppen haben sich seit ca. 1998 (Beginn der systematischen Archivierung) als meine Interessengebiete ergeben, wobei der Schwerpunkt meiner Interessen immer wieder ändert, was sich in der entsprechenden Zahl der Artikel pro Themengruppe widerspiegelt. Zu jedem Eintrag gibt es ein bis zwei Sätze, der den Inhalt kurz charakterisiert und diesen z.T. auch beurteilt. Kernpunkte der Nutzung des Textraumes sind:
- Der Textraum ist ein privates Arbeitsinstrument, andere können diesen gerne durchstöbern.
- Keinesfalls erhebt der Textraum Anspruch auf inhaltliche Vollständigkeit. Abgelegt wird, was mich jeweils interessiert, gewichtet nach der jeweis für das Ablegen zur Verfügung stehenden Zeit.
- Abgelegte Texte werden nicht an Dritte verschickt. Entsprechende Anfragen bleiben unbeantwortet.
- Die unter „alle Themen“ zugängliche Suchfunktion erlaubt eine Volltextsuche durch die Kurztexte, die die Archiv-Inhalte charakterisieren.
Zu Beginn basierte das Archiv auf einer sehr breiten Palette von Medien. Seit einigen Jahren besteht das Archiv aber im Wesentlichen aus Beiträgen aus der NZZ, ergänzt mit WoZ, Le Monde diplomatique oder Fachzeitschriften. Aufgrund eines Auslandaufenthalts zwischen Mitte 2011 und Mitte 2013 ist dieser Zeitraum kaum abgedeckt.
Themen
Artikel (109)
Systembiologie – Kernpunkte:
- Nutzung mathematischer, physikalischer, systemtheoretischer Methoden und von Simulation für das Verständnis biologischer Systeme
- Anwendungen der Informatik in der Biologie (Bioinformatik, Aufbau von Datenbanken etc.)
- Idee des „künstlichen Lebens“ und Beurteilung dieses Projektes
Einige Gedanken dazu, was synthetische Biologie sein kann und was nicht.
Wissenschaftler haben ein Makterium mit "künstlichen Buchstaben" in der DNA hergestellt. Aber auch diese "synthetische Biologie" baut noch weitgehend auf die natürlichen Prozesse auf.
Wie man einen synthetischen Genom kommerzialisieren kann.
Wie man mit Methoden der Systembiologie zu sich selbst reparierenden Werkstoffen kommen will.
Ein altes Argument: man soll Leben nachbauen, um es zu verstehen.
Zu den Konzepten der synthetischen Biologie, um mit "umgebauten" Zellen Werkstoffe und dergleichen herstellen zu können.
Wie man mittels Methoden der synthetischen Biologie Pflanzenzellen zu Produktionsstätten chemischer Substanzen umbauen kann.
Porträt des Craig Venter Institute, wo man an "synthetischen Zellen" arbeitet.
Wie China die Forschung im Bereich Proteomik forciert.
Kommentar zu einem interessanten Paper, das aufzeigt, wie stark man Noise in einem molekularen System mittels Feedback-Kontrolle kontrollieren kann.
Warum es öffentliche Unterstützung der synthetischen Biologie in Europa brauche.
Eine Beurteilung der "künstlichen Zelle" von Venter.
Venters "künstliche Zelle" ist eine natürliche Zelle mit einem künstlich hergestellten Genom (deren Bausteine ebenfalls natürlich sind).
Nun hat die EKAH offenbar auch die synthetische Biologie einer ethischen Beurteilung unterworfen.
Einige Review-Artikel zur Frage, wie man eine Zelle bauen kann.
Fünf Hauptschwierigkeiten der synthetischen Biologie. Und ein Artikel mit einer konkreten Anwendung der synthetischen Biologie: eine molekulare Uhr in verschiedenen Bakterien, die sich synchronisieren lassen.
Zur Anwendung neuer Modellier-Techniken in der biologischen Forschung.
Liste mit Firmen, die in der Systembiologie aktiv sind.
Beispiel einer mathematischen Modellierung, wie sich ganze Gen-Komplexe an- und ausschalten.
Beispiel systembiologischer Forschung: Simulation einer Infektion, um damit neue Angriffspunkte für Medikamente zu finden.
Zwei interessante Artikel: zum einen die Paradoxien in komplexen Gennetzwerken, die eine Lygner-Paradoxie-Struktur haben. Zum anderen das FANTOM-Projekt der EU, das die Genregulation in der Tzelldifferenzierung ansieht.
Ein Paradeunternehmen der (kommerzialisierten) Systembiologie (Codon Devices) ist Konkurs gegangen.
Zur Rolle von Oszillationen in der Genregulation und wie man das für die synthetische Biologie nutzen kann.
Ein ganzes Dossier zur Systembiologie mit eine Reihe interessanter Namen.
Metabonomics: die Idee, aufgrund einer umfassenden Erfassung metabolitischer Produkte Art einer krankhaften Störung zu finden. dazu misst man die metabolische Antwort eines Organismus auf eine externe Störung (auch genetische Manipulation).
Wie Systembiologie die Entwicklung neuer Medikamente beschleunigen kann.
Zum Stand der Dinge betr. der SwissProt-Datenbank.
Der Ingenieurs-Blick auf Zellen: wie man hier reverse engineering umsetzen kann.
Übersicht über die positiven Rückkopplungen in den Regulationsnetzwerken, die während der Zellteilung aktiv sind.
Wie man das Interaktionsnetzwerk im Genom auch untersuchen kann: neue Verbindungen zwischen bisher nicht verbundenen Genen einfügen (im Detail anschauen!).
Warum es Systembiologie brauche, um mit der Überalterung der Bevölkerung und den sich im Anschluss daran stellenden medizinischen Probleme umgehen zu können.
Craigh Venter hat das Erbgut eines Mikroorganismus künstlich nachgebaut und zusammengesetzt (doch das ist noch kein Organismus)
Zum Einsatz von Supercomputern für die Simulation der Proteinfaltung.
Bericht über den Start der forschungsinitiative SystemsX.ch.
Wie man aus einer Aminosäure-Sequenz vorhersagen konnte, welche Form das Protein haben wird.
Übersicht über den Stand der Dinge in der Systembiologie.
Bericht über die ETH-Konferenz zur synthetischen Biologie. Vergleiche auch mit der SonntagsZeitung vom 24.06.07.
Ein Editorial comment zur synthetischen Biologie - ein Gegenkonzept zu einem verkappten Vitalismus.
Wie die Uni Basel die Systembiologie fördern will.
Einen neue Software erlaubt die Asuwertung (alter) Microarray-Daten.
Die neuen Spielkonsolen der Playstation 3 können offenbar auch für die Berechnung von Proteinfaltungen eingesetzt werden.
Überblick über die Aktivitäten der Systembiologie in der Schweiz.
Überblick über die biologische in silico-Forschung, die hier unter dem Stichwort Bioinformatik abgehandelt wird.
Zur Schwierigkeit der Simulationsforschung, die Kluft zwischen molekularer Interaktion und physiologischer Reaktion zu überwinden.
Wissenschaftler der UCSD entwickelten ein Computermodell der menschlichen Stoffwechselvorgänge - quasi ein Körpermodell, das für die medizinische Forschung verwendet werden soll.
Forscher von Berkeley entwickeln standartisierte "Bausteine" für die synthetische Biologie.
Bericht über ein Zürcher Systembiologie-Projekt: Mikroorganismen werden als Maschinen angesehen, die sich aus definierten Komponenten bilden lassen.
Die Geschichte der Schweizer Protein-Datenbank SwissProt.
Eine Übersicht über den Stand der Forschung in der synthetischen Biologie.
Die synthetische Biologie stellt sich ethischen Fragen (bzw. will Ängste abbauen).
Fortschritte in der Simulation von Leberzellen (bzw. einer Signalkaskade, die in Leberzellen stattfindet).
Einsatz von Supercomputern in der Systembiologie: Hier am Beispiel der Simulation der Moleküldynamik in einem Virus.
Ein Essay zur Frage, inwieweit Computer zum Verständnis biologischer Vorgänge beitragen können.
Modellierung der Evolution bzw. der Entstehung natürlicher Signalnetzwerke.
Zu den wissenschaftlichen Problemen, die sich der Systembiologie stellen, und auch der Mangel an mathematischem Verständnis in der Biologie.
Ein neues Gebiet formt sich: synthetische Biologie (oder eben „künstliches Leben“).
Ein Studentenwettbewerb zur Schaffung von Modulen von künstlichem Leben. Dazu ein Kommentar über synthetische Biologie.
Die Ankündigung Craig Venters zur Schaffung von künstlichem Leben.
Ein Problem im Unterhalt bestehender Bioinformatk-Datenbanken bahnt sich an.
Übersicht über den Stand der Dinge in der Systembiologie und den Einbezug von Physikern und Ingenieuren in diesem Bereich.
Ein Experiment, in dem man Bakterien in kleine Rechner verhandelt haben will, die auf Zustandsänderungen mit der Emission unterschiedlichem Lichts antworten.
Zum Wettstreit, als erster eine künstliche Lebensform geschaffen zu haben.
Zum Einfluss der neuen Darstellungsmethoden in der Zellbiologie auf Methoden, sowie die Gefahr der dadurch möglichen Datenmanipulation.
Eine Anwendung der Systembiologie: Biologische Filme verstehen.
Zum Stand der Forschung im Bereich „künstliche Lebensformen“ - aber nicht solche im Computer, sondern im Reagenzglas, unter anderem für das Verständnis der Proteinsynthese.
Übersicht über die verschiedenen Datenbanken, die es weltweit in der Bioinformatik gibt.
Wie man mit Systembiologie Parasiten-Netzwerke verstehen kann.
Zum Einsatz der Simulationstechnologie für die Erforschung neuer Wirkstoffe.
Erstmals wurde ein Eiweissmolekül rein künstlich geschaffen.
Ein Porträt von Genedata.
Zum Aufbau der Systembiologie in Basel. Vg. auch mit der BaZ vom 06.10.03.
Zum Stand der Forschung in der Systembiologie und ihre Zielsetzung.
In der Bioinformatik wird durchaus auch Linux gebraucht.
Zum schwierigen Schritt von der Simulation einer Einzelzelle zur Simulation eines ganzen Gewebes. Und ein Essay zur Frage, wie man Systembiologie verstehen sollte.
Wie sich Basel um den Aufbau eines ETH-Instituts für Systembiologie in Basel einsetzt. Vgl. dazu auch mit der BaZ vom 15.08.03.
IBM kündigt den Bau von Blue Gene an, der den Earth Simulator technisch überholen soll.
Zum Stand der Dinge in der Bioinformatik mit besonderem Blick auf die Schweiz.
Porträt des neuen Direktors des Basler ETH-Zentrums für Systembiologie: Renato Paro.
Wie Proteinfaltung am Computer simuliert wird.
Zum Einsatz der Computersimulation in der Proteomik.
Craigh Venter kündigt die Schaffung einer „künstlichen“ Lebensform an.
Zum Stand der Dinge der Simulationsforschung in der Biologie.
Diverse Review-Artikel über computational biology: Systembiologie, Genomik, Proteomik, Noise in zellulären Systemen, zelluläre Rhythmen, Netzwerke in Organismen.
Essay über die Frage was es heisst, eine Zelle als eine Form der Berechnung aufzufassen.
Zum Problem der disziplinären Verbindung zwischen Biologie und Physik.
Ernüchterung hinsichtlich der wirtschaftlichen Möglichkeiten der Bioinformatik: Computereinsatz allein löst das Problem nicht.
Zum Marktpotential der Bioinformatik mit besonderem Blick auf Österreich.
Zum Einsatz des Internets für die Organisation der verschiedenen Datenbanken im Bereich Bioinformatik.
Ein Essay zur Frage, was biologische computation sein kann.
Das Basler Biozentrum wird Kooperationspartner des Schweizer Instituts für Bioinformatik.
Zum Einsatz eines Supercomputers bei GeneProt.
Übersicht über die Einsatzmöglichkeiten mathematischer Modelle in der Biologie.
Prognose, dass man in fünf Jahren einen künstlichen Virus erschaffen könne (ist nicht eingetroffen).
Celera Genomics setzt einen neuen Supercomputer in der Bioinformatik ein.
ETH-Forscher entwickelten ein Programm zur Simulierung der Proteinfaltung.
Ein Artikel über die so genannte Biomimetik (wohl eine Form der Bionik) auf molekularer Ebene.
Übersicht über die verschiedenen Methoden, zelluläre Prozesse zu simulieren. Und ein Bericht über die Forschung im Bereich artificial intelligence und artificial life, die für die Bioforschung genutzt werden soll. Sowie…
Zu den Auswirkungen des Bioinformatik-Booms auf die Computerbranche.
Wie strukturelle Genomik und Modellierung der Medikamentenentwicklung helfen können.
Zwei Physiker überlegen sich, ob man eine umfassende mathematische Beschreibung eines komplexen biologischen Systems machen kann (sie denken: ja).
Zu Stand der Dinge in der Bioinformatik.
Porträt von Genedata.
Zum Einsatz der Simulationstechnik in der Entwicklungsbiologie.
Auffordeurng, dass die neuen Biologen mehr von Computation verstehen müssen.
Zur Entwicklung der Bioinformatik in der Schweiz - vorab im Kontext der Proteomik.
Beschreibung zweier Schweizer Firmen, die im Bereich Bioinformatik aktiv sind: Genebio und Genedata.
IBM interessiert sich für Biologie und tritt dem SNP-Konsortium bei.
Zur Notwendigkeit, in der Biologie sich mehr für Computertechnik zu interessieren.